我国是目前世界上水产养殖的第一大国，其养殖品种和产量都是居首位的，水产养殖业的发展速度也是空前的。随着社会物质的极大丰富和人们生活水平的不断提高，人们越来越关心日常生活消费食品的质量，作为日常消费品中不可替代的主要蛋白来源之一的水产品更是人们关心的焦点。与早20～30年相比，环境污染的日益加剧，农药品种和使用量的急增，抗生素其它防物的滥用，水产养殖品种中饲料添加剂（包括粘合剂）的无序添加等，使市场供应的水产品出现了令人担忧的现象：即肉质没有以前那么鲜美、重金属积累、农药和抗生素等残留、个体越来越小、不时出现一些怪味。消费者不断提出疑惑，对水产品质量的要求呼声越来越高，要求绿色无公害产品或有机产品，这已是世界性关注的大问题，尤其是入世后，随着全球经济贸易一体化，对水产品品质的要求不但是国内的质量问题，而且要放到一个全世界公认的质量问题高度。浙江省是全国经济大省，而杭州市又是浙江省的省会大城市，素有“鱼米之乡、丝绸之府”之称。目前省、市各界有识之士及水产行政部门均已认识到这一问题，并已将其提到议事日程中，准备筹建“水产品质量监测中心”，其目的是制定标准，即要求水产品按标准生产、加工、销售，真正将水产品质量的监督、检测落实并做好，浙江的宁波市已率先成立了“水产品品质监测中心”，上海市质量技术监督局业已制定了“安全优质水产品”的地方标准”，这是大势所趋。杭州市对人们的日常消费品中的肉类（猪肉）、蔬菜、豆腐均进行检测，由专门的机构对其进行抽样检测。同样对水产品的健康养殖已是迫在眉睫。但限于我市水产养殖业的特殊情况，即有国有单位，集体单位，更多的是广大的专业户进行养殖，从养殖品种、养殖形式、养殖周期、养殖技术、养殖环境等均差异较大，而且以前对水产品内在的质量问题一直没得到相应的重视，进行健康养殖的实施还有一个试验、总结、推广的过程。必须认识到提供无公害食品的紧迫性，改变生产技术，以符合产品标准。
一、苗种问题
苗种是水产养殖业的基础，一个好的养殖种类的出现可以兴起一个行业的热潮（如鳗、甲鱼、河蟹、罗氏沼虾、青虾、对虾等），相反一个差的品种会给行业带来较大的损失。品种是指种质基因良好的、没有退化的、抗病力强的、生长快速的、饲料利用率高的、肉质良好的、有一定遗传稳定性的种类，并且应该是由原种繁殖的子一代——良种。要使养殖的品种健康且病害少，可减少用药，则各类药物和重金属离子的残留可以减到最低的限度。但是苗种的选育往往费时长，费用大，需由专门的科研院所来完成。杭州市在这方面投入力度还有一定距离的。提高苗种的质量主要有以下措施：
1、杂交育种
将优良的品种或品系通过人工杂交育种的手段，定向培育出生长快、抗病和抗逆能力较强的种类供广大养殖者进行养殖。这是我国目前最主要的育种方式之一。如银鲫、丰鲤等。
2、生物工程技术
通过雌核发育、家系选育并结合多系杂交育种，或通过人工的诱导（温度、压力、生物因素）使水产品种的染色体加倍来得到的。如建鲤（荷包红鲤与元江鲤作为原始亲本）、单性罗非鱼等级。如工程鲫（三倍体），三倍体的品种具有生长快、个体大的特点。现在人们对DNA认识越来越清楚，其通过分子水平育种技术也将日趋完善，相信在不久的将来会出现越来越多运用DNA技术培育出来的符合人们意愿的健康品种。
3、无病害苗种的生产
在的集约化养殖程度越来越高的今天，养殖品种的病害也越来越多，尤其是病毒性疾病。故现在常规苗种的培育中，提倡“健康育苗”、“无病毒或无菌育苗”，即在整个育苗过程中严格选择亲本，严格控制水体中细菌病毒和其它有害生物的数量，使降到最低的程度，利于今后的养殖。如现在许多虾苗的培育用此法，如无特定病毒的虾苗spf。今后还将从基因水平提高其抗病力。
4、养殖种质的遗传特性检测
我国目前的养殖业，对养殖品种仅停留在引种、开发及驯养的阶段。随着养殖业的发展许多优良品种因长期的近亲繁殖，其生长等遗传特性有所变化，必须对其进行定期的检测，做到心中有数。发达国家特别是美国做得比较好，我国在这方面的工作做得较少，在养殖生产上也带有一定的盲从性。
5、优良种质的复壮
即对生产上大规模养殖的品种进行种质的复壮，目前主要的做法是定期引进原产地或天然的种质，改善因养殖时间长而造成的养殖生长特性下降或个体变小的变异。在我省市的许多养殖品种中存在这一问题，如青虾、河蟹品系的混杂和近亲繁殖，使商品的规格在同样的养殖条件下，比原来普遍偏小，许多鱼也有此现象。今后将从应用良种和人工选育种方面加以解决。
6、严格控制盲目引种
我国近几年来养殖品种的增加比无论哪个时期和哪个国家都多，这也带来了严重的后果。无论从国外或从省外（包括跨地区）引种都必须进行严格的检疫（尤其前者），搞清楚该区系原有的病害和本身该品种的带菌及发生的病害情况，引进后将对本地的病原区系产生的影响及对本地主要经济养殖品种的危害评估；搞清引进该品种对生态平衡和种质资源的影响将是如何的，才能引种。盲目引种对我们原有养殖及引进品种的危害而造成损失已经很多，特别是虾蟹鳖养殖中的病害。应严格执行农业部颁发的“水产苗种管理办法”。
二、环境问题
养殖水环境随着工业的极大发展造成的污染越来越严重，这是世界性的环境问题，包括水体的直接污染、陆地的污染和大气的污染，但最终都将污染水体环境。而水产养殖业的发展，其本身的生物污染也日益严重。环境条件恶化，必将造成养殖品种病害的增加，又促使养殖者用药的增加，使得重金属和农药积累越高，也使抗生素的残留增加，从而影响了产品的质量。改善养殖水体环境的主要措施有：
1、场址和水源的选择
新塘的开挖则必须考虑到场址的选择，浙江省粮食放开以后新挖的池塘不在少数，更应考虑此问题（仅杭州地区2001年新增鱼塘就达数万亩）。开塘一定要选在水源充足，水质清新，未受或少污染的水源。要了解周围全年的工业污染、农药污染的情况，必要时进行水质的检测，使其符合我国的渔业水质标准。
2、清除过多的淤泥
对老塘显得尤其的重要，淤泥往往是病菌大量繁生的场地，而且过多的淤泥又会造成养殖过程中的过多耗氧，也会引起养殖旺季病害的暴发。一般只留20厘米左右的淤泥即可。
3、底质的改良
（1）每年除清除过多的淤泥外，最好在冬季让其干置，通过冰冻和日晒杀死大量的有害病原体及其孢子、芽孢、休眠卵等，减少来年发病的数量。并且使底质龟裂后可使空气与土壤充分接触，使底质中的有机质充分氧化，将有机物矿化成无机盐，可成为来年池塘中饵料生物的营养源。
（2）每年放养之前，使用足量的生石灰，与淤泥充分混合，一可保持水质ph的稳定和微碱性的水环境，有利于有益微生物的繁育，减少病害；二可使底部淤泥较为疏松，增加通透性。
4、彻底清塘
清塘可以在年底干塘时或来年放养之前，主要目的是清除池塘中的野杂鱼虾和病原体，利于养殖的成活率和减少养殖过程中的发病率。
5、水质处理
（1）化学处理许多高集约化程度的养殖为了避免在养殖中暴发大规模的病害，都设水处理池，即对引用的水源进行预先的消毒杀病原体处理，保证加入到池中的水不带病原体，减少病害的发生和提高成活率。如对虾高位池养殖中的预处理。
（2）生物处理主要应用和控制有益微生物群落的生长。当有益微生物大量繁殖时致病菌和有害菌的生长就会受到抑制而减少病害的发生；另外有益菌能在有氧的环境条件下分解有机物质，减少养殖过程中的自身污染问题。生物处理较高水平的如工厂化或循环水养殖中的生物转盘、生物包等；处理水平较低的是在一般的养殖池中定时添加有益微生物，如psb、消化细菌、活力菌等。
（3）物理处理主要是通过紫外线或臭氧等对养殖的进水进行预消毒处理或过滤等。
6、模拟自然的生态环境
在养殖的水体尽可能的增加有些品种的栖息场地、隐蔽场地和活动场地。如立体养殖青虾中增设网片、温室甲鱼养殖中的挂网等都是为了增加养殖品种的栖息隐蔽场地；虾蟹养殖中的种植水草既可增加其隐蔽的场地减少互残，又可吸收部分有机物等养分而改善水质；甲鱼养殖中的食台兼有晒背的作用，这都是为了在养殖中提高成活率和效益，但同时可通过模拟自然生态环境而减少病害的发生。
三、饲料问题
饲料是水产养殖的物质基础，各养殖品种因其特性不同对饲料的营养需求也不同，而且同一品种在不同的生长阶段对饲料的营养要求也不尽相同。在众多的养殖品种条件下，至今我国对各主要养殖品种的营养需求基础研究不够、饲料生产的行业管理不够健全，所以各饲料生产厂家各自为政，标准不一，添加成份不同、原料差异较大，超标准使用合成类促生长剂。结果是各营养成份不一定能满足需要，原料或饲料变质，或是添加的粘合剂等化学物质不达标，或是添加的药物不规范。对生产造成的影响是：（1）首先是营养性疾病，出现诸如脂肪肝、高糖肝等肝脏病变，或是体内脂肪积累过多，或是许多的维生素缺乏症，或是生长不良，等等。（2）造成养殖品种的体质下降，易被病原体感染易发病，影响成活率，其结果是养殖者增加用药量并造成残留量增加。（3）最终产品含有对人体有害的物质。
为了确保进行健康养殖，在饲料环节必须采取以下措施：
1、首先对养殖品种的营养需求必须搞清楚，确实根据养殖品种及不同阶段的营养需要来确定相应的饲料配方，配方要科学合理。在此同时呼吁必须加大对水产养殖饲料和营养方面的基础研究工作。
2、对生产饲料的原料要严格把关，变质的、污染的和不符合要求的原料应拒用。
3、对于添加剂的使用（营养性添加剂和非营养性添加剂，如维生素、无机盐、抗生素、粘合剂、天然促生长剂）要符合规范，尤其是后三者。化学合成的粘合剂，杂质多或不符合健康标准的坚决不能用。制药饵用的抗生素不能滥用，要了解其残留的特性和是否符合兽药典，上市前必须有足够的休药期（15-20天不等）。
4、成品饲料的储藏应在规定的时间内使用，不能过期或变质后再继续使用。
5、对一些需在投饵时添加的物质（如油类），产品的说明中应给予明确指出：添加的量、种类、比例、要求，不能随意添加。
6、在养殖生产中为降低饲料成本，或出于提高饲料效率，或充分利用当地自然资源而使用的动物性或植物性饲料，必须在保证不变质、不受污染、适量使用的原则。
