用于动植物转基因的运载体DNA中含有一段作标志用的特殊基因――抗生素抗性基因。这种基因的危险性一直未被充分认识。芬兰的研究人员发现，基因工程食物中存在的抗生素抗性基因能转移到人体肠道微生物中的细菌内。虽然还没有人报道，这种食物在人体内能使肠道细菌特别是致病菌对抗生素产生抗性，但危险性不能被排除，因为这种基因本身就具有可移动的性质。从另一角度讲，至今也没有人能证明基因工程食物中的抗性基因绝对不会转移到人体肠道微生物中，消费者又有什么义务非要承担这个风险呢?
有道德、负责任的科学家应该在制作供基因工程作物用的转基因动植物时，拒绝使用抗生素抗性基因。但遗憾的是总有一些人还在继续使用它。现在已有一些国家政府明确规定，禁止制作和出售任何抗生素抗性基因的基因工程食物。
还有一些在自然界所发生的基因污染也许人们根本不会想象到。例如德国科学家发现基因工程油菜的转基因已经污染了蜜蜂体内肠道中的微生物。这一发现的意义在于提醒人们：基因污染将无孔不入。
基因是一切生命的基本组成部分，而繁殖又是生命的基本特征。生物繁殖的本质就是基因的复制。基因污染是在天然的生物物种基因中掺进了人工重组的基因，这些外来的基因可随被污染的生物的繁殖而得到增殖，再随被污染生物的传播而发生扩散。因此，基因污染是惟一一种可以不断增殖和扩散的污染，而且无法清除。这是一种非常特殊又非常危险的环境污染。
