同化学药物与抗生素相比，用中草药防治龟鳖疾病，具有安全性高、残留少、成本低的好处。但这是建立在科学配方，对症下药，规范应用基础上的。然而近年来由于滥用，乱用，不科学规范应用中草药防治龟鳖病出现的副作用已有不少，其主要表现有以下几点。
一、影响食欲阻碍生长
由于龟鳖对环境中的气味比较敏感，所以当环境中出现异味时，就会作出较强的反应。如停食、乱游、聚堆等。特别是当中草药的气味超过龟鳖的耐受阈值时，就会在较长时间内停食。从而影响龟鳖的健康生长。这种现象在工厂化龟鳖苗种培育阶段尤易发生。
二、肠道堵塞
由于龟鳖没有真正的胃，所以对粗纤维的消化能力较弱，当然在饲料中有合适比例的粗纤维能促进肠道运动帮助消化。然而因中草药中粗纤维含量比较多，如在应用时不经过科学处理或控制用量，龟鳖内服后就会在消化道中膨胀堵塞肠道，严重的会引起死亡。这种现象在250克左右的龟种、鳖种养殖阶段，由于食欲旺盛特易发生。
三、中毒死亡
中草药在动物体内起到防治疾病作用的，是中草药中所含的有效活性化学成份在动物体内发挥的综合药理作用。而一味中药一般都含有多种化学成份，所以在配伍时不但要掌握中国传统医学理论，更要了解几味中药合用后的相互作用及配伍禁忌。否则就会发生副作用。如黄芩与黄连同是杀菌消炎的常用中药，但因黄芩中的甙类化学成份与黄连中的碱类化学成份合用后在动物体内经肾脏时易结晶损害肾器官，故不能合用，否则就会导致死亡。而有的则是中西药合用时配伍不当直接发生毒副作用。如在内服土霉素时和五倍子煎剂合用虽能提高杀菌能力，但因五倍子中含有大量的水解性鞣质而不能合用，因水解性鞣质对动物肝脏有剧烈的毒性。
综上所述，用中草药防治龟鳖疾病，不但要注意方法，更不能乱用、滥用。为此，提出几点应用中的注意事项，供。
一、注意应用对象
龟鳖的整个商品养殖周期分苗、种、成三个阶段。在龟鳖苗阶段应用以气味较小口感好的鲜嫩草药为主，这样既没有副作用，又能起到防病促长的作用。常用的有马齿苋、蒲公英、革命草、铁苋菜等。而对100克以上的鳖种龟种和成鳖成龟可用处理过的中药粉。
二、注意用量
控制有效用量，是防止发生副作用的关键。在采用内服时，龟鳖苗阶段用鲜草药一般为干饲料量的5%-10%，而鳖种龟种成鳖成龟与亲龟亲鳖防病为干饲料的1%-1.5%，治病以当日投喂干饲料量的2%-3%为宜。在外用泼洒时，一般控制在每立方米水体10-30克为宜。
三、注意用法
中草药防治鳖病的应用方法很多，但常用的是：鲜药打浆或榨汁。如是干中药可打成细粉，细度应与投喂的商品饲料一样。药粉在应用时，如是泼洒，最好煎熬成药水。如是投喂，最好用50℃左右的热水浸泡3小时使其软化，然后再按比例添加到饲料中。切忌用干粉直接投喂。
四、注意配伍禁忌
在配方时，一定要弄清拟配的单味中草药的药性和所含的化学成分以及相互之间的药理作用，同时还要搞清它们之间的配伍禁忌。方中药物不宜多宜精，通常中药方以4-8味为好，中西药结合以3-5味为好。
五、注意疗程
有的地方长期每天不断地投喂中药，这种方法不可取。中草药起的是防治作用，而不应作为营养添加剂长期投喂。因为任何药物到一定的时侯都会产生抗药性，如一旦产生，再用这种药物去治疗就没用了。所以我建议防病以每月投喂10天为宜。如是高剂量治疗，最好每次6天，间隔3天，3次为一疗程。而疗程之间起码间隔10天。
