随着西部大开发的推进，西部生态系统也面临着严峻挑战。自然生态系统退化速度快，退化面积大，退化类型多，已经成为我国西部山地生态系统和生物多样性面临的主要威胁。
记者从国家林业局了解到，专家提出，我国西部山地生态环境本身十分脆弱，高山、沙漠、戈壁、荒漠和石质山地多，不可利用和难以利用的面积大，存在许多生态环境恶劣、不适宜人类永久性居住的自然障碍区。加上乱垦陡坡、滥垦草场、乱砍滥伐、超载放牧、过度樵采、滥挖药材等人类活动加剧，以及不合理的开发利用，导致林草植被遭到破坏、生态功能衰退、水土流失加剧，土地和草地退化、沙化严重。
目前，西部地区森林覆盖率很低，是我国突出的无林少林地区，不仅森林质量下降，天然次生林和疏林灌丛面积扩大，而且森林的环境效用下降。徐海根说，地处长江上游的西南地区是天然林、成熟林减少最为突出的地区之一，长江上游原有森林总面积3250万公顷，如今只剩下463万公顷，减少了85%，因而森林覆盖率也有所下降。在青藏高原东南部和云贵高原西部，由于森林多分布在陡峭的坡地上，不适当采伐使很多林区茂密的森林退化为灌丛草坡，造成严重的水土流失，进而引发泥石流、滑坡等自然灾害。
专家说，山地自然生态系统的脆弱性和不稳定性是山地生态系统退化和生物多样性丧失的内因，人类长期干扰活动则是山地生态系统退化和生物多样性退化丧失的驱动力和外因。山地生态系统退化和生物多样性丧失，是两方面综合作用的结果。
专家建议，协调西部山地生物多样性保护与区域可持续发展成为缓解西部生态压力的主要途径。一方面，要通过对西部山地生态系统和生物多样性区域分布特征的分析，明确西部山地生态系统和生物多样性受到的威胁因素。另一方面，将生态环境建设与解决农民生计问题有机结合起来。
