主要是其成分不同。请看以下解释：
(一)蓝黑墨水
又称鞣酸铁墨水，是由变黑持久不褪成份、色素成份、稳定剂、抗蚀剂、润湿剂和防腐剂等组成。
1.变黑持久不褪成份：
主要是 鞣酸(C4H10O9)、没食子酸(C7H6O5?H2O)和硫酸亚铁(FeSO4)等成分彼此化合，生成鞣酸亚铁和没食子酸亚铁，氧化后都变成不溶性的高价铁，即鞣酸铁和没食子酸铁，前者增强耐水性，后者增强变黑性，这样使墨水耐水、变黑，色持久不褪。
2.色素成份：
目前常用的是酸性墨水蓝和直接湖蓝染料，黑水蓝是墨水的主色，水溶液遇酸不变质，但遇碱则变为棕色。直接湖蓝在墨水中起助色作用，由於其中含杂质较多，不宜多用，在潮湿环境易长霉。
3.稳定剂：
在墨水中加稳定剂的目的，主要是消除墨水的沉淀，以免书写时发生断水现象。常用的稳定剂有 硫酸(HSO4)、草酸(COOH)2、甲醛(HCHO)溶液。这些稳定剂都具有一定酸性，给纸张酸化埋下了潜在的危害，不宜多用。
4.抗蚀剂：
因墨水中加入的稳定剂具有较强酸性，为防止腐蚀，常加抗蚀剂，使它和铁质结成薄膜，降低硫酸的腐蚀作用 90%。使墨水中的含铁量不会因腐蚀笔尖而增加，从而增加了墨水的稳定性。
5.润湿剂：
为防止墨水中的水份蒸发，造成书写不便，在墨水中加入不易挥发，且有吸水性的 丙三醇〔C3H5(OH)3〕，使笔尖保持湿润，以利书写。
6.防腐剂：
墨水原料中所含有机物等物质，在潮湿环境下容易腐烂、长霉，为防止腐烂常加苯酚或五氯酚钠等药剂为防腐剂。
(二)纯蓝墨水和红墨水
纯蓝墨水和红墨水是属於有机染料墨水，虽色泽鲜艳，但字迹的坚牢性不如蓝黑墨水，其字迹容易褪色。而红色墨水遇水很快就褪掉渗化，应特别加以注意。
(三)碳素墨水
其成份主要是无机碳，自然稳定。
